El término flora intestinal se acuñó porque antes las bacterias se consideraban vegetales unicelulares, por lo tanto el término flora intestinal era predominante. En la actualidad, y gracias a que un hombre llamado Whittaker distribuyó a los organismos en los cinco reinos clásicos de la taxonomía biológica: Metaphyta o Plantae, Metazoa o Animalia, Monera, Protista y Fungi, sabemos que esto no es así, las bacterias no son “plantas” como para llamarlas “flora”. Posteriormente un eminente microbiólogo llamado Carl Woese describió el sistema de los tres dominios: Eukarya, Bacteria y Archaea.
El término actual y correcto es MICROBIOTA INTESTINAL.
Este mismo término debe ser utilizado en microbiota normal de la piel, microbiota cervical, microbiota oral, etcétera.